En abril de 2002, el Laboratorio de Biología Molecular de la Escuela de Biología (LBM), creado el 27 de marzo de 1995 y dirigido por el Dr. Jorge Hernández Torres, fue fusionado con el CINBIN. Esta alianza dio lugar al Centro de Innovación en Biotecnología Industrial y Biología Molecular, bajo la dirección del Dr. Jorge Hernández Torres. En reemplazo de las funciones de investigación, extensión y docencia de la Dra. Graciela Chalela Álvarez, fue nombrada la profesora Mariela Carreño de Arango, M.Sc., hasta principios de 2006, año de su retiro.

En marzo de 2006, ingresó el Dr. Jorge Luis Fuentes Lorenzo como nuevo profesor de Microbiología y permaneció en el Centro hasta noviembre de 2007, año en que se trasladó el Laboratorio de Microbiología del CINBIN a la Sede Principal de la UIS. Desde entonces, el CINBIN reorientó sus líneas de investigación, principalmente hacia trabajos en Biología Molecular y Bioinformática.

No obstante, con la vinculación de nuevos investigadores, el Centro ha ido recuperando su capacidad operativa en todos los aspectos de su Misión. Con las instalaciones del CINBIN como Sede, en abril de 2002 se inscribió en Colciencias el Grupo de Investigación en Biotecnología Industrial y Biología Molecular. El grupo ha estado conformado por profesores, biólogos y estudiantes de la UIS, con el propósito de convertir el CINBIN en un Centro de referencia en el nororiente colombiano y en el futuro, a nivel nacional.